El Fideicomiso Fondo para la Biodiversidad se audita externamente cada ejercicio (1 de enero a 31 de diciembre), desde 1993 para efectos financieros, y a partir de 1996 también para efectos fiscales. El dictamen fiscal es importante, debido a que el fideicomiso está registrado como "Donataria Autorizada" ante la Secretaría de Hacienda y Crédito Público desde 1996.
La auditoría es uno de los mecanismos que ayuda a controlar las operaciones financieras; contar con un dictamen sin salvedades es resultado de un control interno adecuado y de una aplicación eficiente de las normas contables y fiscales.