Biocódigos de Barras Urbanos CDMX (BBU CDMX)


Somos un proyecto científico y educativo, sin fines de lucro, que busca generar en la juventud interés y vocación por la ciencia, así como una conciencia ambiental de la biodiversidad existente en nuestra Ciudad de México.

Formamos parte de Bioenseñanza ADN (BeADN), que es un centro de aprendizaje de biología molecular para estudiantes de educación media superior, dedicado a la educación genética y biotecnológica. BeADN cuenta con licencia del centro de enseñanza de ADN (DNA Learning Center) del Cold Spring Harbor Laboratory en Nueva York, para impartir los mismos cursos y programas, con los mismos estándares y calidad que los caracteriza.

enlace a página de BeADN

Así, el proyecto Biocódigos de Barras Urbanos CDMX se basa en los proyectos de códigos de barras urbanos (Urban Barcode Project) que ha realizado el DNA Learning Center desde el año 2011 para la ciudad de Nueva York. Hasta la fecha, en esos proyectos han participado cerca de 900 estudiantes de 149 escuelas diferentes. Más de 5,800 muestras han sido colectadas, con 125 nuevos biocódigos de barra identificados

BeADN es la rama educativa de Central ADN SA de CV, empresa mexicana dedicada a proporcionar servicios de salud humana y animal, relacionados con el ADN.

Para llevar a cabo la emisión 2018-2019 de BBU CDMX, contamos con el apoyo del Consejo Nacional de Ciencia y Tecnología (CONACYT) a través del fondo Jóvenes Talentos para impartir los talleres de entrenamiento. La Comisión para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (Conabio) nos proporciona apoyo para la construcción y publicación de la página web, así como contacto con escuelas e instituciones interesadas en participar. El Instituto Nacional de Medicina Genómica (INMEGEN) nos apoyará con la secuenciación de muestras y la organización y espacio para el Simposio Final. Así mismo, el Colegio Ciencias y Humanidades nos apoyará con las instalaciones de tres laboratorios SILADIN para establecer laboratorios semi-ambulantes y coordinará la comunicación con el profesorado y alumnos de ese plantel.


Son una herramienta para la identificación de especies, que se obtiene a partir de secuencias cortas estandarizadas de DNA. Se utiliza sólo una pequeña parte del DNA del organismo, un solo gen, que ha sido probado y que funciona para distinguir entre diferentes especies.

Estos biocódigos son utilizados con el fin de conocer la diversidad biológica de alguna zona en particular, principalmente. También se ocupan para confirmar la identidad de ciertos organismos; para diferenciar entre especies que son muy similares morfológicamente; para identificación de parásitos en alimentos, así como confirmar la veracidad de los productos que se venden, por ejemplo carne de cerdo, pollo, pavo, huauchinango, bacalao; o plantas medicinales como Ginkgo biloba, infusiones o tés, etc.

El nombre se debe al análogo con los códigos de barras que vienen en los productos del supermercado, ropa, muebles, etc. que identifican a cada uno y permiten obtener toda su información: precio, tipo de producto, etc.

Una vez obtenido el biocódigo de barras, se compara con secuencias de DNA almacenadas bases de datos en línea, como GenBank o BOLD System, para encontrar la que coincida y así hallar la identidad de la especie.


El objetivo del proyecto Biocódigos de Barras Urbanos CDMX es que los estudiantes de bachillerato tengan la experiencia completa de hacer ciencia, al estudiar la biodiversidad de la Ciudad de México a través de los códigos de barras de la vida. Así, se pretende abrir oportunidades educativas y de investigación a estudiantes jóvenes en México, que estén interesados en explorar áreas académicas y de desarrollo profesional en biología molecular, genética, genómica, biodiversidad, ecología, evolución, ciencias ambientales, y bioinformática.

Dado este gran espectro de áreas científicas involucradas en proyectos donde se explora biodiversidad utilizando biocódigos de barra, los estudiantes que potencialmente participarían en el proyecto pueden provenir de una gran gama de áreas académicas, desde biología y biotecnología hasta ingenierías en sistemas o arquitectura del paisaje, pasando por ciencias de la salud, químicas, y cualquier programa multidisciplinario en las áreas antes mencionadas.

De igual manera, los tutores que guiarían a los estudiantes en sus proyectos, especialmente los maestros de bachillerato, pueden tener una formación ecléctica, pero que se encuentren interesados en el estudio de la biodiversidad y en fomentar el interés en los jóvenes a estudiar carreras científicas y/o tecnológicas.


CONVOCATORIA CERRADA

Acerca del programa

Biocódigos de barras CDMX es un programa de ciencia que abarca toda la ciudad de México y parte de su área metropolita. Este es el primer programa en su tipo donde se busca que los estudiantes sean quienes diseñen, ejecuten y comuniquen sus proyectos con un enfoque hacia la biodiversidad usando métodos de la biología molecular y computacional modernos. El programa otorga todo lo necesario para que los estudiantes, junto con su asesor, realicen el trabajo de laboratorio y bioinformática.

El programa dura todo un ciclo escolar y está dividido en tres fases. La primera es la participación en talleres de entrenamiento y la realización de una propuesta escrita de investigación con ciertos requisitos. Si la propuesta es aceptada, pasan a la segunda fase, que es el trabajo de laboratorio, obtención de resultados y análisis computacionales. Si terminan esta ardua labor, pasan a la tercera fase, que es la presentación de los resultados en formato cartel en un Simposio Final ante los demás participantes. Se evaluarán y premiarán los mejores trabajos.

El programa es abierto a todos los estudiantes de preparatoria de la ciudad de México y del área metropolitana, deben estar cursando los dos últimos años del bachillerato y tener un profesor de ciencia o asesor que los apoye. El asesor puede ser un profesor de bachillerato, estudiante de posgrado o investigador con el conocimiento de ADN o de ecología y suficiente tiempo para apoyar al equipo. Los integrantes pueden no ser de la misma escuela. Los asesores pueden tener un máximo de tres equipos.

  1. Formar equipos de 2 a 5 estudiantes y un asesor.
  2. Escoger un tema de investigación.
  3. Registrarse para participar en los talleres de entrenamiento en el correo magali@beadn.mx.
  4. Escribir una propuesta de proyecto y mandarla al correo magali@beadn.mx.
  5. Enviar tu propuesta antes del 15 de octubre.
  6. Se enviará retroalimentación de la propuesta para hacer correciones. Mandarlas antes de la fecha de cierre.
  7. Las propuestas serán evaluadas por su originalidad, creatividad, merito científico y viabilidad. Los equipos seleccionados podrán participar en “Biocódigos de barras urbanos CDMX“.
  8. Los proyectos aceptados se comprometen a terminar sus proyectos para primavera y presentarlos en el Simposio el 11 de mayo de 2019.

Calendario

Evento Fecha
Apertura de convocatoria 13 de agosto 2018
Cierre de convocatoria 31 de octubre 2018 (15 de octubre, límite para primera revisión del escrito)
Talleres de entrenamiento 17 de septiembre al 15 de noviembre 2018
Publicación de resultados 19 de noviembre 2018
Fase experimental (laboratorio y bioinformática) 14 de enero al 26 de abril (6 de abril último día de laboratorio)
Simposio Final 11 de mayo 2019
Presentaciones orales (finalistas) y premiación al ganador 18 de mayo 2019 (una semana después)

La propuesta del proyecto debe tener un máximo de 5 hojas sin incluir las referencias y datos del equipo. Ve a “Guía para la propuesta” para obtener documentos de utilidad para escribirla. La propuesta debe tener los siguientes puntos:

  1. Introducción y revisión literaria con referencias a proyectos similares y donde se resalte la relevancia para la ciudad de México.
  2. Hipótesis y objetivos.
  3. Métodos, incluido como se colectará, la localidad de colecta, cuál será el método para obtener los biocódigos de barras. En “Material de apoyo” puedes bajar archivos para registrar datos.
  4. Plan de interpretación de datos, cómo se revisarán los experimentos, si se usará algún método estadístico y cuál, cómo se presentarán los datos.
  5. Referencias.
  6. Biografía breve de cada miembro del equipo.

Para facilitar la comprensión del método en el trabajo de laboratorio y durante la sesión de análisis, se impartirán talleres de entrenamiento para todos los interesados en enviar una propuesta escrita. En los talleres se verán conceptos teóricos y ejecuciones prácticas que los llevarán a comprender qué se realiza en cada paso, porqué y qué se obtiene. De igual forma, se explicará con detalle el procedimiento del análisis de secuencias obtenidas, así como los conceptos relacionados, para un mejor entendimiento. Esta actividad les permitirá escribir con mayor claridad el apartado de Métodos y Plan de Interpretación de Datos de la propuesta escrita que se tiene que enviar para buscar la participación en el programa BBU CDMX.

Los procedimientos utilizados están estandarizados y son muy sencillos, para que puedan llevarse a cabo en un tiempo relativamente corto, y aún así obtener resultados. En general en el laboratorio se utilizarán agentes no cáusticos para aislar el ADN de plantas, animales u hongos. La región del biocódigo se amplificará por una reacción de en cadena de la polimerasa (PCR) y visualizada en un gel de agarosa. El amplicón se mandará a secuenciar y la secuencia obtenida se analizará en la plataforma DNA subway, la cual es nuestra plataforma de bioinformática donde pueden realizar todos los análisis de los proyectos en la línea azul.

El taller de entrenamiento para un equipo tendrá una duración de una semana, 20 horas en total, por las tardes, en un horario de 16:00 a 20:00. El calendario de asistencia al taller se cubrirá conforme se inscriban los equipos.

Los talleres de entrenamiento se impartirán en un colegio al sur de la Ciudad de México, por confirmar.

Galería de imágenes

Los resultados de la investigación serán expuestos en un Simposio Final en formato cartel ante los demás participantes. Un grupo de Asesores Externos fungirá como evaluadores y harán preguntas. Los cinco mejores trabajos pasarán a la final, que será una semana después. Los finalistas realizarán exposición oral del trabajo de investigación. Nuevamente serán evaluados por el grupo de Asesores Externos. El equipo con la mejor exposición ganará un viaje al DNA Learning Center en Nueva York. El Simposio Final tendrá lugar en las instalaciones del Instituto Nacional de Medicina Genómica.

Alimentos

Titulo: Variedades de pastos en alimentos de ganado

Objetivo: Identificar qué pastos son los que se encuentran presentes en el alimento de ganado.

Resumen: El ganado puede tener una alimentación basada en pastos que se encuentran en los mercados de zonas rurales. Este proyecto buscará identificar cuáles especies son mas prevalentes y asociarlas con la salud del animal.

Lugar de colecta: Los jóvenes deberán ir a mercados donde se venda pastos para alimentar ganado. Ellos elegirán una especie de ganado de su preferencia y verán los pastos que se ofrecen.

Resultados esperados: Se espera encontrar variedades locales de plantas, como soja entre otras. Así mismo hay cierto riesgo de que haya muestras revueltas o confundidas con otros pastos nativos, por lo que los jóvenes podrán hacer un árbol filogenético de la relación entre los diferentes pastos.

Ambiental

Titulo: Asociaciones al palo loco.

Objetivo: Identificar qué especies se encuentran asociadas al palo loco.

Resumen: Se deberá colectar muestras de las plantas endófitas, hongos e insectos que viven en el árbol o a su sombra. Se analizará cuál es la relación entre las especies, así como la relación con el árbol con el fin de definir cual es el tipo de relación (simbiosis, comensalismo, parasitismo).

Lugar de colecta: Parque Ecológico Ecoguardas; Reserva del Pedregal de San Ángel (REPSA).

Resultados esperados: Se espera identificar comunidades de insectos, así como de endófitas, que vivan en relación simbiótica; los jóvenes deducirán cuales relaciones son benéficas para el organismo.

Biodiversidad

Titulo: Agaváceas originales para pulque.

Objetivo: Identificar las agaváceas presentes en las zonas aledañas a la CDMX y analizarlas en un contexto histórico.

Resumen: Las especies de agaváceas (Magueyes) han tenido un uso histórico en la sociedad mexicana. El proyecto consistirá en analizar las especies que se encuentran en el parque ecológico y extrapolar los datos al contexto histórico mexicano para ver si esas especies podrían haber sido las usadas para producir pulque originalmente.

Lugar de colecta: Parque Ecológico Ecoguardas; Chapultepec, (REPSA).

Resultados esperados: El pulque se realizaba a partir de las especies locales, no obstante hay una posibilidad de introducción de especies de otras regiones del país para producirlo localmente. Los jóvenes verán el contexto histórico de sus resultados tratando de inferir el origen de la planta.

Salud

Titulo: Control de plagas por arácnidos.

Objetivo: Identificar que insectos son los más cazados por arañas en una región.

Resumen: El proyecto consistirá en identificar las especies de insectos que cazan las arañas en una región específica y determinar si estas son alguna plaga de la zona. La colecta será a partir de las muestras atrapadas en telarañas. Nota: deben ser insectos frescos para evitar degradación del material genético.

Lugar de colecta: Parque cercano a sus localidades.

Resultados esperados: Analizar si hay insectos que fungen como vectores de enfermedades, así como analizar el papel en el control de estos insectos que dan las arañas.



En la primera edición del programa Biocódigos de Barras Urbanos CDMX, se contó con la participación de 23 equipos, compuestos por 68 alumnos y 14 asesores. Del total de los equipos, el 48% trabajó con plantas o muestras vegetales, 9% con bacterias, 4% con protozoarios y el resto con invertebrados o tejidos animales.

Participaron 7 escuelas públicas: CCH Azcapotzalco, CCH Sur, CCH Vallejo, ENP 2, ENP 6 y ENP 9.

Participó 1 escuela privada: Colegio Peterson campus Tlalpan.

En total se obtuvieron 270 muestras colectadas de las cuales se obtuvieron 121 secuencias. De éstas, aproximadamente 60 son posibles nuevos registros para GenBank

El Simposio se llevó a cabo los días 12 y 19 de mayo de 2018 en las instalaciones del Instituto Nacional de Medicina Genómica en la Ciudad de México.

Proyectos similares

NYC Urban Barcode Project

Es un proyecto donde se busca investigar sobre la biodiversidad urbana en la ciudad de Nueva York, buscando especies en peligro o comida que este mal etiquetada.


Barcode Long island

Es un proyecto donde se busca entender la biodiversidad de Long Island, Nueva York y sus aguas aledañas, en el proyecto se busca que los alumnos entiendan la crucial importancia de la relación entre los humanos y el medio ambiente.



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Actualizado en: 12/11/2019 - 23:03hrs.