La fauna mexicana de peces incluye grupos de origen sudamericano y norteamericano (en ecosistemas de agua dulce), así como del Indopacífico y del este del Atlántico (en las partes oceánicas y costeras), además de un elevado número de especies autóctonas (Espinosa et al., 1998).

En México se han documentado 259 Familias de las 515 reconocidas (Nelson, 2006) para todo el mundo, esto es poco más del 50% del total, incluida la nueva Familia Lacantunidae descrita en el año de 2005 para la Selva Lacandona, Chiapas.

Entre las nueve Familias de peces más numerosas en el mundo, con más de 400 especies cada una, en México están registradas las Familias Cyprinidae (carpas), Gobiidae (gobios), Cichlidae (cíclidos), Characidae (mojarras), Serranidae (serránidos), Labridae (peces de arrecifes) y Scorpaenidae (escorpiones y rocotes). De forma desafortunada desde hace unos tres años, la Familia Loricariidae (plecos) exótica a la ictiofauna mexicana, se ha anexado a la lista de peces en aguas continentales.

Los peces que habitan las aguas continentales suman más de 500 especies (Espinosa et al. 1993a y b, Miller et al., 2006). En los ambientes hídricos continentales se siguen encontrando nuevas especies. Se calcula que tanto para los peces de ambientes marinos como continentales falta por conocer de forma aproximada un diez por ciento de dicha fauna, ya que los fondos marinos aun son poco explorados.

En la zona marina y estuarina se han detectado hasta el momento poco más de 2,100 especies tanto para el Pacífico mexicano como para las áreas del Golfo de México y el Caribe. De estos ambientes en el Pacífico se conocen 1,121 especies. El Golfo de California es la zona con mayor diversidad y endemismos.

De todas las especies registradas en México, la Carta Nacional Pesquera incluye 543 especies sujetas a aprovechamiento o que se encuentran regidas por algún régimen comercial. Por otro lado, la Norma de Especies en Riesgo (NOM-059-ECOL 2004) tiene 197 especies consideradas bajo alguna situación de riesgo o ya desaparecidas.