“Y así es, que el gran Árbol de la Vida con sus ramas muertas y rotas llena la corteza de la tierra y cubre su superficie con sus hermosas ramificaciones, siempre en nueva división.”
Charles Darwin

La base del árbol de la vida se divide en tres dominios principales: Arquea, Bacteria y Eucariota (otras clasificaciones).

Bacterias: organismos unicelulares que carecen de núcleo (procariontes). Anteriormente se clasificaban en el reino Monera. Son los organismos más antiguos (3,500 millones de años). Hay bacterias que sintetizan su propio alimento a partir del bióxido de carbono, como las cianobacterias, las bacterias verdes del azufre y algunas bacterias púrpura. Otras utilizan nitrógeno o azufre.

Arqueas: organismos unicelulares que al igual que las bacterias carecen de núcleo (procariontes, algas azul-verdosas). Anteriormente se incluían en el reino Monera, junto con las bacterias, sin embargo, estudios recientes demuestran diferencias con las bacterias y afinidades con el dominio Eucariota. Difieren de las bacterias en la composición de su pared celular y de algunos de sus organelos y en sus procesos genéticos.

Eucariota: organismos celulares con núcleo. Incluye a protozoarios, algas unicelulares,  hongos, plantas y animales, anteriormente incluidos en cuatro reinos distintos (Protista, Fungi, Plantae, Animalia). Los dominios se dividen en reinos, y de ahí en phyla (singular phylum), clase, orden, familia, género y especie. En las plantas y en los hongos la categoría phyla se conoce con el nombre de división. Algunos ejemplos de phyla son: Moluscos (caracoles, almejas, pulpos), Equinodermos (estrellas y erizos de mar) y Artrópodos (insectos, arañas, cangrejos). Ejemplos de divisiones son: Briofitas (musgos), Pteridofitas (helechos), Magnoliofitas (plantas con flores).

2 Reinos	3 Reinos	2 Imperios	4 Reinos	5 Reinos	6 Reinos	3 Dominios
	Protistas	Procariontes	Monera	Monera	Eubacterias	Bacterias
					Arqueobacterias	Arquea
		Eucariontes	Protistas	Protistas	Protistas
				Hongos	Hongos	Eucariontes
Vegetales	Plantas		Plantas	Plantas	Plantas
Animales	Animales		Animales	Animales	Animales
Linnaeus 1735	Haeckel 1866	Chatton 1937	Copeland 1956	Whittaker 1969	Woese et al. 1997	Woese et al. 1990