Durante los pasados veinte años, se ha propuesto que el manejo de recursos naturales debe hacerse con un enfoque ecosistémico, es decir, incluyendo a todo el ecosistema. El manejo debe mantener o mejorar al ecosistema y debe proporcionar una variedad de bienes y servicios a las generaciones presentes y a las futuras.

Entre los ingredientes del manejo de ecosistemas están:

• Considerar las conexiones entre los diversos niveles de la biodiversidad (genes, especies, poblaciones, ecosistemas, paisajes).
  
  
• Incluir una escala espacial adecuada que incluya a los procesos ecológicos relevantes, definiendo límites ecológicos en lugar de límites administrativos.
  
  
• Aceptar a las sociedades humanas como parte del ecosistema y considerar las necesidades presentes manteniendo el ambiente para que pueda satisfacer a las necesidades futuras.
  
  
• Imitar a los regímenes naturales de perturbación para mantener a la biodiversidad.
  
  
• Mantener la integridad ecológica protegiendo poblaciones viables de todas las especies nativas, de sus patrones y procesos.
  
  
• Tener en cuenta una escala temporal adecuada. Planear a largo plazo.
  
  
• Introducir experimentos de manejo con diseños experimentales, conducir monitoreo y documentar los efectos del manejo para aprender.
  
  
• Promover la coordinación interinstitucional y la comunicación con la sociedad.